Agences de l'eau : leur rôle méconnu dans la prévention des crues

Les six agences de l'eau françaises existent depuis la loi du 16 décembre 1964 relative au régime et à la répartition des eaux et à la lutte contre leur pollution, soit plus de 60 ans d'activité en 2026. Ce texte fondateur a découpé le territoire national en six grands bassins hydrographiques, chacun doté d'un établissement public administratif placé sous la tutelle du ministère chargé de l'environnement.

L'agence Adour-Garonne couvre le sud-ouest depuis Toulouse. Artois-Picardie, basée à Douai, gère le bassin nord. Loire-Bretagne, dont le siège est à Orléans, s'étend sur plus de 155 000 kilomètres carrés et constitue le plus vaste bassin hydrographique de France métropolitaine. Rhin-Meuse opère depuis Metz. Rhône-Méditerranée-Corse est pilotée depuis Lyon. Seine-Normandie, installée à Nanterre, couvre un territoire qui concentre près de 18 millions d'habitants, soit environ 27 % de la population française.

Chaque agence dispose d'un comité de bassin, parfois surnommé parlement de l'eau, qui réunit élus locaux, usagers (industriels, agriculteurs, consommateurs) et services de l'État. Ce comité vote le programme pluriannuel d'intervention, document qui fixe les priorités de financement sur six ans. Depuis la loi sur l'eau du 3 janvier 1992 et sa refonte par la loi du 30 décembre 2006, leur rôle dépasse la seule qualité de l'eau et englobe la quantité, les milieux aquatiques et la prévention des inondations. Cette compétence « prévention » reste la moins connue du grand public, alors qu'elle représente une part croissante de leurs budgets d'intervention, notamment depuis la directive européenne « Inondations » du 23 octobre 2007 transposée en droit français par la loi du 12 juillet 2010 portant engagement national pour l'environnement.

Les agences financent la prévention des crues sous forme de subventions versées à des maîtres d'ouvrage publics, principalement les EPCI compétents en GEMAPI, pour un budget d'intervention voisin de 2,1 milliards d'euros par an toutes missions confondues.

Le 11e programme pluriannuel 2019-2024 a totalisé environ 12,6 milliards d'euros d'engagements pour les six agences réunies, dont une enveloppe spécifique dédiée aux milieux aquatiques, aux zones humides et à la prévention des inondations. Le 12e programme 2025-2030, adopté fin 2024, maintient cette trajectoire. Concrètement, les aides couvrent 30 à 70 % du coût des projets inscrits dans un PAPI (Programme d'Action de Prévention des Inondations) labellisé par la commission mixte inondations, dispositif piloté par la direction générale de la prévention des risques.

À titre d'exemple, le PAPI de la Vilaine en Loire-Bretagne a mobilisé plus de 90 millions d'euros d'investissements entre 2012 et 2022, dont une part significative apportée par l'agence Loire-Bretagne. Les interventions privilégient trois registres: la connaissance du risque et la cartographie des zones inondables, en lien avec le portail Vigicrues géré par le SCHAPI à Toulouse; les travaux dits d'infrastructures vertes comme la restauration de zones d'expansion de crues, l'effacement de digues obsolètes ou la renaturation de cours d'eau; enfin la réduction de vulnérabilité des bâtiments existants situés en zone inondable, via des diagnostics subventionnés et parfois la pose de batardeaux sur les ouvertures sensibles. Ce dernier axe reste modeste comparé aux financements du Fonds Barnier, qui prend en charge jusqu'à 80 % des travaux pour les particuliers depuis le décret du 10 juillet 2019.

Les agences tirent la quasi-totalité de leurs ressources de sept redevances encadrées par les articles L213-10 à L213-20 du Code de l'environnement, qui appliquent les principes « pollueur-payeur » et « préleveur-payeur » posés par la loi sur l'eau du 3 janvier 1992.

Le total collecté s'établit autour de 2 milliards d'euros par an pour les six agences réunies, d'après le rapport public thématique de la Cour des comptes consacré aux agences de l'eau et publié en 2023. La redevance pour pollution domestique représente la part la plus visible: elle apparaît sur chaque facture d'eau potable, à hauteur de 0,15 à 0,50 euro par mètre cube selon les bassins. Un ménage français qui consomme environ 120 mètres cubes par an contribue donc entre 20 et 60 euros annuels, le plus souvent sans le savoir.

S'y ajoutent la redevance pour prélèvement sur la ressource en eau, acquittée par les collectivités, les industriels et les irrigants, et la redevance pour pollutions diffuses, pesant sur les ventes de produits phytosanitaires. Les activités agricoles, pourtant fortes consommatrices d'eau et sources de pollution diffuse, contribuent historiquement de façon limitée aux ressources des agences, un déséquilibre régulièrement pointé par les associations environnementales et par le Conseil économique, social et environnemental dans son avis de mai 2023. La loi de finances pour 2024 a réformé le dispositif en introduisant deux nouvelles redevances dites hydrologie afin d'augmenter la contribution des gros préleveurs. Cette fiscalité affectée transite directement vers les agences sans passer par le budget général de l'État, ce qui garantit en principe son fléchage vers la politique de l'eau et la prévention des risques.

La répartition des rôles entre agences de l'eau, GEMAPI et Fonds Barnier s'organise sur trois niveaux complémentaires, du bassin versant à la maison individuelle. Depuis la loi MAPTAM du 27 janvier 2014, la compétence « gestion des milieux aquatiques et prévention des inondations » relève obligatoirement des établissements publics de coopération intercommunale depuis le 1er janvier 2018.

Les EPCI construisent, entretiennent et surveillent les digues, les bassins écrêteurs et les ouvrages de régulation. Ils peuvent instituer une taxe GEMAPI plafonnée à 40 euros par habitant et par an, additionnée aux impôts locaux et affectée exclusivement à cette compétence. En 2022, cette taxe a rapporté environ 300 millions d'euros à l'échelle nationale selon la Direction générale des collectivités locales, un ordre de grandeur stable depuis 2020.

Face à ces maîtres d'ouvrage, les agences de l'eau interviennent comme bailleurs de fonds et appui technique. Elles ne construisent rien par elles-mêmes, elles cofinancent, orientent les choix et conditionnent souvent leurs aides au respect de principes agro-écologiques, en préférant les zones d'expansion de crues aux digues en béton. Le Fonds de prévention des risques naturels majeurs, dit Fonds Barnier, créé par la loi du 2 février 1995, joue le troisième rôle. Doté d'environ 205 millions d'euros en 2023 selon le ministère de la Transition écologique, il finance les mesures individuelles de réduction de la vulnérabilité, les expropriations en zone de risque extrême et une partie des plans communaux de sauvegarde. Un propriétaire dont la maison est inscrite dans un plan de prévention des risques inondation approuvé peut faire financer jusqu'à 80 % de la pose d'un batardeau sur sa porte d'entrée ou d'une trappe étanche sur un soupirail.

Les projets financés couvrent la restauration de zones d'expansion de crues, l'effacement d'ouvrages obsolètes et la cartographie des zones inondables, avec des programmes historiques comme Loire Grandeur Nature qui a mobilisé plus de 400 millions d'euros sur trente ans après son lancement en 1994.

Ce programme, né de la controverse autour du barrage de Serre-de-la-Fare, a permis l'effacement de plusieurs ouvrages hydrauliques et la restauration des champs d'expansion de crues entre Nevers et Angers, avec une forte participation de l'agence Loire-Bretagne. En Camargue, l'agence Rhône-Méditerranée-Corse cofinance depuis 2011 la reconnection hydraulique de l'ancien delta du Rhône, avec une capacité de stockage supplémentaire estimée à plusieurs millions de mètres cubes lors d'une crue centennale. Dans le Nord, l'agence Artois-Picardie a soutenu, après les inondations historiques de novembre 2023 et janvier 2024 dans le Pas-de-Calais qui ont concerné plus de 390 communes reconnues en état de catastrophe naturelle et provoqué environ 640 millions d'euros de dommages assurés selon la Caisse centrale de réassurance, un plan d'urgence doté de plusieurs dizaines de millions d'euros pour restaurer les wateringues et renaturer la Liane.

L'agence Seine-Normandie finance de son côté la reconquête de zones humides dans la vallée de l'Oise, dont les crues de janvier 1995 avaient coûté 1,2 milliard de francs à l'époque. Au-delà de ces grands chantiers, les agences accompagnent la cartographie des 122 Territoires à Risque Important d'inondation (TRI) identifiés en application de la directive européenne du 23 octobre 2007. Ces TRI regroupent environ 17 millions d'habitants exposés, soit un Français sur quatre. Les études de modélisation hydraulique, cofinancées jusqu'à 50 % par les agences, alimentent ensuite les plans de prévention des risques et les diagnostics proposés aux particuliers par les collectivités.